Weil es im norddeutschen Raum um 1900 kein Heim für schulentlassene katholische Jungen gab, und katholische Jungen in Heimen außerhalb des Bistums untergebracht werden mussten, gab der Bischof von Osnabrück den Auftrag, in Börgermoor eine Erziehungsanstalt für katholische männliche Fürsorgezöglinge zu bauen. Grundlage für diese Entscheidung war ein Vorläufergesetz zum späteren Jugendwohlfahrtsgesetz, das regelte, dass Minderjährige in Heimen ihres Bekenntnisses untergebracht werden sollten. In der Tradition der Landarmen-, Arbeits- und Rettungshäuser plante man den Bau in einer einsamen Gegend, Der Bau enthielt alle Neuerungen damaliger Zeit: elektrisches Licht, Dampfheizung und Wasserleitung.

Am 1.März 1913 wurde die Johannesburg vom Bischof Hubertus Voß eingeweiht und eröffnet. Erster Direktor wurde Heinrich Ganseforth, der vorher Vikar in Aschendorf war. Canisianer-Brüder übernahmen die Jugendarbeit, Franziskanerinnen aus Thuine die Haushaltsführung. Das Haus konnte ca. 200 Jungen aufnehmen.

Neben der Unterweisung im katholischen Glauben und der Arbeitserziehung in der Moorkultivierung und der Landwirtschaft sollte den Zöglingen Gelegenheit für eine Ausbildung in handwerklichen Berufen gegeben werden.
Am 1.April des Jahres 1914 übertrug der Bischof den Herz-Jesu-Missionaren aus Hiltrup das Haus probeweise auf 10 Jahre. Ihnen gelang die Überwindung der pädagogischen und finanziellen Schwierigkeiten, mit denen Canisianer anfänglich zu kämpfen hatten. 1924 übernahmen sie die Johannesburg endgültig. In der Hauswirtschaft arbeiteten seit 1916 die Hiltruper Missionsschwestern. Bis 1929 leitete Pater Esser die Johannesburg als Direktor. Ihm folgte Pater Peter Petto, der schon von 1914 bis 1925 Assistent auf der Johannesburg war. Pater Petto gab praktische und theoretische Impulse zur Neugestaltung der Heimerziehung. Er gilt als Reformator der katholischen Heimerziehung der damaligen Zeit. So bemühte er sich u.a. um eine familienhafte Gruppenerziehung in Form von "Heimgemeinschaften". Abweichend von der damaligen Anstaltsmethode hat Pater Petto speziell die Entwicklung der Gruppenpädagogik vorangebracht und stärker die individuelle Eigenart eines jeden Jugendlichen beachtet.

1941 wurde die Johannesburg von der Gestapo beschlagnahmt. Es folgte die Ausweisung der Patres. Die Ordensbrüder und -schwestern wurden noch ein Jahr dienstverpflichtet.

Ende 1942 richtete man in den Räumen der Johannesburg ein Jugendgefängnis ein. Pfingsten 1945 kam Pater Petto wieder in die Johannesburg. Das Erziehungsheim wurde am 1.Juli 1946 mit 17 Jungen aus Göttingen wieder eröffnet. Man begann unter großen finanziellen Schwierigkeiten mit dem Wiederaufbau.
Im Jahre 1952 wurde Pater Güldenberg Direktor der Johannesburg. Er versuchte, die Tradition von Pater Petto aufzugreifen und den Gedanken der Heimgemeinschaften entsprechend den Verhältnissen der damaligen Zeit in einer Form gelenkter Selbstverwaltung zu gestalten. So regelten die Jungen in einem Heimparlament Dinge des Heimalltages, wie z.b. die Ordnung im Hause, die Kontrolle beim Ausgang usw.

Sei­nen Bemühungen um weitergehende Reformen, wie z.B. die Reduzierung der Gruppengröße, wurden durch die staatlichen Zuschüsse Grenzen gesetzt.

Ende der 60er, Anfang der 70er Jahre, setzte im Zuge der allgemeinen Diskussionen um die Heimerziehung eine weiterreichende Änderung des Heimalltages ein, die zu kleineren Gruppen führte, zu einer Auswei­tung der beruflichen Bildung und zu einer allmählichen Öffnung des Heimes nach außen. So wurde von dem damaligen Direktor Pater Kaperschmidt  mit der Einführung des kostendeckenden Pflegesatzes die Torfwirtschaft eingestellt und der Ausbau der Werk­stätten, der unter seinem Vorgänger Pater Maaß schon begonnen hatte, fortgesetzt.

1973 wurde verbunden mit der Herabsetzung des Volljährigkeitsalters auf 18 Jahre mit der Aufnahme von Schülern begonnen.

Anfang der 80er Jahre wurden unter dem Direktor Alois Hügle die integrativen Ansätze durch Aufnahme von externen Auszubildenden und die Bildung von Außenwohngruppen weiterentwickelt. 1980 wurde die erste Außenwohngruppe in Aschendorf eröffnet.

Die integra­tive Ausbildung von Jugendlichen im Heim und Mädchen und Jungen aus der Umgebung durch Öffnung der Werkstätten sowie die positive Wirkung einer Berufsausbildung und Erprobung verschiedener sozialpädagogi­scher Betreuungsformen bei benachteiligten Jugendlichen wurde in zwei Modellversuchen, in Verbindung mit dem Bundesinstitut für Be­rufsausbildung in Berlin, dem Land Niedersachsen und der Universität Münster, untersucht und wissenschaftlich bestätigt. Die Begleitung und Untersuchung vor Ort führte der jetzige Direktor Wichard Klein durch.

Nach der bundesweiten Einführung des Benachteiligtenprogramms wurde 1982 auch die Johannesburg ein Träger dieser Maßnahme.

In den 90 er Jahren entwickelte sich die Johannesburg zu einem wichtigen Faktor im Bereich der Ausbildung benachteiligter Jugendlicher in der Region. Für externe Mädchen und Jungen im Rahmen der Beruflichen Bildung besteht eine eigenständige sozialpädagogische Begleitung. 1996 wurde die Johannesburg als „Sonstige Reha-Einrichtung“ anerkannt und ist seitdem ein regionales Zentrum der beruflichen Rehabiltation junger behinderter Menschen.

In ihrer 90-jährigen Geschichte hat die Johannesburg sich zu einer Einrichtung entwickelt, in der Jugendhilfe  und Jugendsozialarbeit als ganzheitlicher Ansatz im Zusammenwirken von Sozialpädagogik sowie schulischer und beruflicher Bildung praktiziert wird. Dazu beigetragen haben die Integration einer Berufsbildenden Schule und seit 1973 der Pater-Petto-Schule, die als Ganztagsschule in Sonderform "V" und "L" Schüler ab der Klasse 1 mit handlungs- und projektorientierten Werkstattphasen und fachgebundenen Arbeitsgemeinschaften beschult.